Der einstige spätgotische Flügelaltar musste im Barock dem neuen Zeitgeschmack weichen. Als einziges "Überbleibsel" des Vierflügelaltars können die Tafelbilder betrachtet werden, welche zwischen den Säulen des Mittelschiffes aufgehängt sind.
Der barocke Hochaltar der Kirche wurde 1698 nach dem Entwurf von Johann Voit von dem einheimischen Schreiner Hans Neuner errichtet. Die Figuren stammen aus der Hand des Bamberger Hofbildhauers Sebastian Degler, das Altarbild von Sebastian Reinhard.
1836 wurde der Altar - trotz heftigem Widerstand - durch Adam Friedrich Ditterich in seine Teile zerlegt und in seiner heutigen Form wieder aufgebaut.
Die seitlich auf Sockelteilen stehenden übergroßen Figuren stelllen die Bamberger Bistumspatrone Heinrich II. und seine Frau Kunigunde dar. Sie sollen an die Gründung des Bistums im Jahr 1007 erinnern.
Das Altarblatt, welches die Mantelteilung des hl. Martin darstellt, stammt - ebenso wie das Bild der Marienkrönung - vom Bamberger Hofbildhauer Sebastian Reinhard.